医院污水处理过程中排出的污泥按每张病床计，每天平均为0.7～1升，含水95%，含有污水中病原体总量的70～80%，进行消毒处理。消毒方法有加热消毒、化学药剂消毒、γ射线消毒等。加热消毒的热源通常为蒸汽、电能或生物能（高温堆肥），有的地区可以用太阳能。或者用焚烧法处理（见污泥焚烧）。化学药剂消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性钠等。用漂白粉或液氯时,有效氯用量约为污泥量的2.5%。用碱性药剂时，污泥的pH值达到12后，保持半小时以上，效果好。γ射线消毒可用60钴或一些裂变产物的混合物作辐射源，辐射剂量为20～30万伦琴。用此法对污泥消毒不产生臭气，并可改善污泥的脱水和沉降性，但费用较高。
对于综合医院(不带传染病房)污水处理可采用“预处理→强化处理→消毒”的工艺。通过混凝沉淀(过滤)去除携带病毒、病菌的颗粒物，提高消毒效果并降低消毒剂的用量，从而避免消毒剂用量过大对环境产生的不良影响。 医用污水处理的强化处理一般采用混凝沉淀、过滤、气浮等工艺。过滤的固液分离方式需要反冲，操作管理较为复杂，而气浮工艺中气体释放易导致二次污染。所以医用污水中一般采用混凝沉淀工艺。
简易生化处理工艺的流程为“沼气净化池→消毒”。沼气净化池分为固液分离区、厌氧滤池和沉淀过滤区。三区的主要功能分别为去除悬浮固体，吸附胶体和溶解性物质，进一步去除和降解有机污染物，后通过沉淀和过滤单元去除剩余悬浮物和降解有机污染物，出水质量。所产生沼气根据气量大小作不同的处理，当1m3污泥制取沼气达15m3以上时，收集利用；当1m3污泥制取沼气不足15m3时，收集燃烧处理。 沼气净化池利用厌氧消化原理进行固体有机物降解。沼气净化池的处理效率优于腐化池和沼气池，造价低、动力消耗低，管理简单。 作为对于边远山区、经济欠发达地区医用处理的过渡措施，逐步实现二级处理或加强处理效果的处理。
根据国家环保总局的有关规定（国家环保总局.医院污水处理技术指南.2003.12（环发（2003）197号 ），将各类医院按性质分为综合医院和传染病医院两类，与卫生系统对医院及医疗机构的划分方法有差别。其中传染病医院指传染性疾病专科医院和带传染病房的综合医院，综合医院为不带传染病房的综合医院和各类非传染性疾病的专科医院。医院污水净化包括综合医院、中医医院、中西医结合医院、民族医院和专科医院（传染病医院（包括结核病院）、心血管病医院、肿瘤医院、口腔医院、妇产科医院和精神病医院等等）各类医院污水的处理，同时也包括疗养院、康复医院等其它医疗机构和兽医院的污水处理工程。
诊所污水处理设备的结构组成：
A、调节池（钢砼结构，房建承建）由于来水标高低，无法直接流入地埋式生活污水处理设备，在生化一体化设备前增加集水调节池一座。集水提升池内装有两台潜水提升泵，将集水提升池内的废水提升至一体化污水处理设备。调节池同时起到均化水质和水量的作用。
B、格栅调节池的废水由提升泵抽至一体化污水处理设备格栅前，格栅对污水中含有各类漂浮物质加以拦截。以防止堵塞后续的水泵或处理设备；避免在后续水池内沉淀，增加检修次数。
C、生物接触氧化池（包括一氧池及二氧池）在生物接触氧化池中，通过鼓风机和微孔曝气器对污水中不断供氧，利用好氧微生物来氧化有机物，使污水中的COD、BOD大大降低，后达到排放标准。
D、沉淀池
经过生化后的污水进入沉淀池，污水中的悬浮物部分沉降于池底，得到澄清的污水从沉淀池另一端的溢流堰流出。沉淀池积累的污泥通过污泥泵回流到接触氧化池。沉淀池采用斜板沉淀池的形式，以增加沉淀效果，出水水质。
E、污泥池
沉淀池底部的污泥在重力的作用下进入污泥池，污泥池的污泥由污泥泵定期回流至生物接触氧化池，既生化池的污泥量又可以好氧消化掉部分污泥。
F、清水消池
消池接收来自沉淀池的溢流水。消池内投加次氯酸钠溶液，杀灭处理后水中残存的大肠杆菌等有有害微生物，出水。
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牙科污水处理设备是一种应用于牙科口腔门诊的一种医疗污水处理设备，设备采用臭氧消毒，液位控制，实现了真正的全自动化运行，无需定期加药，无需集水池，小型医疗污水处理设备通过从空气中电解氧气产生臭氧进行消毒。设备安全性，一台臭氧设备可满足小型医疗机构类似门诊牙科、口腔诊所、小规模医院所产生的污水。同时我公司还生产一体化医疗污水处理设备，可处理更大规模的医院污水。
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